外商投资企业在上海注册公司的程序是先办理批准证书，再办理外商投资企业营业执照。外资公司取得营业执照后，还必须为外商投资企业办理下列登记手续。
1.刻制公章
所需材料：上海注册公司营业执照原件及复印件、公章(公章、财务章、合同章)、批准证书复印件2份、经办人员身份证。
2.企业法人代码
所需材料：企业公章、营业执照原件及复印件、批准证书原件及复印件、预分配代码、法人身份证明原件及复印件(如无原件，须在复印件上加盖公司印章)，并填写表格。
3.外汇登记
所需材料：营业执照副本及复印件、批准证书原件及复印件、管委会开发区批复、合同及章程复印件、公章、企业法人代码原件及复印件。
4.税务登记
所需材料：营业执照、批准证书、企业合同、章程、可行性报告、管委会，董事会批准名单、企业身份证、投资计划、公证注册证明(如土地合同、工厂租赁合同)、工厂租赁方营业执照、企业身份证复印件、工商行政管理出具的《开发区企业生产经营场所证明表》、上海注册公司税务登记表(收于国税)、公章、企业公章和财务章。
5.银行开户
外汇账户所需材料：营业执照复印件、企业代码证复印件、批准证书复印件、外汇登记证复印件、开户通知书(资金账户、结算账户)、公章、企业公章、财务章、填表。
6.海关备案
所需资料应填写备案表申请、项目建议书(合资企业)或在中国设立外商投资企业表(独资企业)申请、可行性研究报告(独资企业申报投资计划)、合同、章程、管委会开发区批复、营业执照原件复印件、批准证书复印件、进口货物清单(海关有表格)， 上海注册公司企业在开发区的工厂或场所的实施证明、银行账号、公章、法人印章及海关要求的其他相关文件。
7、企业统计登记
所需资料：营业执照一份，法人代码证一份，公章和填表。
8.金融注册
所需材料：营业执照复印件、公章、法人章等。
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